Samsun Zirai Karantina Müdürlüğü, Bakanlar Kurulu'nun, 02.01.1999 tarih ve 23571 sayılı Resmi Gazete'de yayınlanan 12/11/1998 tarihli kararıyla kurulmuş olup, Samsun Valiliği'nin 19/07/1999 tarih ve 07/398-12621 sayılı Olur'u ile personel görevlendirmesi yapılarak kuruluşu tamamlanmıştır.
Bakanlığımız İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı'nın 10/09/1999 tarih ve DS-7315/688 sayılı yazısı ile 31.12.1999 tarihinde Samsun Zirai Karantina Başkanlığı Döner Sermayesi kurulmuştur.
Müdürlüğümüz, 14/11/2000 tarih ve 133 sayılı makam oluru ile Bakanlık İl Müdürlüğüne bağlı iken, 29/12/2006 tarih ve 1 sayılı Makam oluru ile anılan tarihten itibaren Bakanlığa bağlı kuruluş haline gelmiştir.