Müdürlüğümüz 13.12.2010 tarihi itibarı ile yürürlükten kalkan 6968 sayılı Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu gereği 1957 yılında bir liman şehri olan üretim, ihracat ve ithalatın merkezi sayılabilecek bir konumda olan İskenderun' da kurulmuştur. Tüm Hatay da gerek liman bölgesinde gerekse sınır kapılarında hem ithalat hem ihracat aşamasında 64 yıldır sorunsuz ve başarılı olarak hizmet vermektedir.
Müdürlüğümüz İskenderun E-5 Karayolu üzerinde Tren Garı karşısında ve İskenderun Limanı karşısında yerleşik halde bulunmakta, kendi mülkiyetinde 14 dekarlık bir arazi içerisinde 2 katlı idare binası ile 6 adet Lojmanı mevcuttur.
Müdürlüğümüzde, Müdür (İnspektör), 1 Müdür Yardımcısı (İnspektör),1 Birim Sorumlusu (İnspektör), 7 Ziraat Mühendisi (İnspektör), 3 Ziraat Mühendisi, 1 Muhasebe Yetkilisi (Sayman) 9 Genel İdari Hizmetler Personeli, 1 Daimi Tarım Hizmetleri İşçisi ve 2 Geçici Personel olmak üzere toplam 26 personel görev yapmaktadır.
Müdürlüğümüz 6968 sayılı Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu yerine 13.12.2010 tarihi itibarı ile yürürlüğe giren 5996 sayılı Veteriner hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanununa, bu kanuna bağlı olarak çıkarılan Yönetmelik ve Talimatlara göre Dış Karantina Hizmetleri vermektedir.
Müdürlüğümüz, Hatay'ın her yerinden, İskenderun Limanından ve İskenderun körfezinde bulunan 6 adet Limandan, Yurt Dışına ihracatı yapılan,Yurt dışından ithalatı yapılan her türlü bitki ve bitkisel ürünler ile bu ürünlerin hazırlandığı, depolandığı, paketleme evi, antrepo, depo gibi yerleri, bu ürünlerin taşındığı, gemi, tır ve kamyonları Dış Karantina yönünden kontrolünü yapar. İhracatta uluslar arası geçerliliği olan bitki sağlık sertifikasını, ithalatta, izin belgelerini, Transitte, Transit İzin Belgelerini ve Raporları düzenler. Ayrıca, gerekli olduğu takdirde, ihraç, ithal, Re-export ve Transit geçen bitki ve bitkisel ürünler ile bunların saklandığı, depo, antrepo gibi yerler ile bu ürünlerin taşındığı gemi ve tır gibi nakil vasıtalarını, bitki hastalık ve zararlılarına karşı fumigasyon (gaz ilaçlamasına) yaptırır.